清代初期的住宅原貌保留不多，木造建築的年限及家族之興衰可以說是建築保存的重要關鍵。這段時期至少有兩種基本建築形式，一是院落式，一是連幢式街屋的建築式，院落式多散置於市街後面的巷中。

街屋建築有很長的進深，通常多在三落以上，為求空間充分利用，往往為兩層樓或夾層之設置。街屋屬於清代初期已不多見，只有在鹿港還可以看見。鹿港在當時不是由政府建立起來的城市，而是由商人建立出來的，所以可說鹿港為一個商業市街。

這樣商業性質的城市，本應築城防衛，不過，當地人民卻選擇另一種防禦方式。也就是將店面緊鄰著一條曲曲折折的窄街，這樣店面不過五公尺，所以居住空間只好向後延伸，並垂直向上發展成為二、三樓的建築。

一般多分為三進，有點雷同於合院式住宅，第一進為店面及神堂，進深較大，需要兩個連續雙面坡屋頂才能解決。這樣一來不能開窗透光，所以將兩雙坡屋頂錯開，開個天窗，這樣一來可以獲得充足光線，這也形成二樓的夾層或閣樓。二樓作樓井，有精雕的欄杆，相當美麗。

第一進後半部常為主人的居所，可以照顧生意；第二進與第三進多設有二樓的室內天井，便於採光；第二進供奉祖先神位，第三進供奉佛祖。

構造以磚牆承重為主，屋頂排滿圓樑；裝飾方面並不重視正面的華麗，倒是將重點放到廳堂的樓閣木作部分，以雕刻細緻的花樣。

鹿港的「元昌」商宅為這街屋例子之一，此為三層樓之佳作，二、三樓皆有挖室內天井。木作雕工相當精緻，色彩華麗，為鹿港老師傅施水龍作品。

另外一例是鹿港的「日茂行」，據傳建於乾隆年間，為鹿港全盛時期船商林振嵩住宅，其現今位置在鹿港國小附近，依據史料得知，為兩落式格局，屋脊為馬背式，屋頂鋪筒瓦，前面廣場全部舖石，正門為亭子式的歇山頂形式。

除了鹿港的代表建築物，另外還有麻豆郭舉人宅 ，前面有二對旗竿礎，門上有「文魁」匾額（目前已被偷），為乾隆年間郭廷機中舉人所立；另外，次年郭蘊玉中武舉又立一對旗竿，可以說是官宅，宅為簡單之兩落式建築，缺護龍。歷代稍修，主要木構及舖地石板皆為原樣，形式古樸。

此期的文教建築，沿襲明代舊規，其文教設施有儒學、義學、社學、民學及書院。清初至嘉慶年間共設立了六處儒學，設有臺灣縣儒學、鳳山縣儒學、諸羅縣儒學、臺灣府儒學、彰化縣儒學；其中臺灣府儒學，也就是臺南孔廟，是由明永曆年間的學宮改建成，在康熙二十四年改為臺灣府學，在康熙五十一年增建朱子祠與文昌閣；乾隆十四年又重修增建，而後有修建許多次。

大成殿是孔廟重點，為重簷歇山式，在比例上臺南孔廟大成殿顯得較高，其本身屋面、牆身及臺基為臺灣孔廟建築中佳作。

書院扮演著輔助府縣學的重要角色，明鄭以來多義學，清初之書院就是就有義學改建。臺灣的書院由崇文書院開始，隨後，各縣都增設。在這段時期的書院分佈最多，乾隆年間彰化及新竹都已經有書院之設置，像是崇文書院、海東書院、奎樓書院、白沙書院、龍門書院、玉峰書院、明志書院、文石書院、仰山書院、屏東書院等皆為此時所設置的書院。

海東書院為清代臺灣規模最大的書院，此址在臺南忠義國小，也就是在臺南府儒學右側，創建於康熙五十九年。裡面有講堂、齋舍等建築，可惜日據時期拆除。

臺灣寺廟為臺灣文化之特色，廟的年代表示開發時間，廟的規模則表示其地方經濟力量，廟宇建築是閩南建築中最主要的典型。廟宇可以說是移民精神生活的焦點。廟宇與住宅建築各有其傳統，各有特色。隨著社會結構複雜，祀神之種類亦增加，重視子弟教育形成文昌祠；因職業分化有職業團體守護神祉廟宇；為祈求生活平安、脫離苦海的廟堂；移民時祭拜於地緣關係所形成之廟宇；代代相傳形成之家廟及家祠；街市發展成為城市有的文廟及城隍廟，藉以宣揚教化，移風易俗。臺灣的廟宇相當多，不過大規模的作品並不多見，鹿港龍山寺即建於乾隆五十一年，寺廟為坐東朝西，由外而內為山門、五門、戲臺、拜亭、大殿及後殿，南北兩側各有廂房。形式是泉州式，山門為歇山重簷式，結構突出，比例均衡美好，為難得佳作。

另外一佳例，為臺南三山國王廟，此為臺灣唯一留存廣東式廟宇建築，為乾隆七年廣東商民所建，平面格局坐東朝西，正面寬廣，中央部分為主殿奉祀三山國王。結構主要為承重牆結構，並有浮雕花紋。屋脊形式平緩，只有山牆收尾處略微上揚捲起，成花葉形脊尾。

屬於清初的坊表皆在臺南，有泮宮坊、接官亭坊、蕭氏節孝坊以及重道崇文坊，共有四座。由於臺灣缺乏優良石材，所以石坊皆採簡單形式，臺灣石坊多採四柱三間式，其構造仿木架，由石榫頭接合起來。

橋樑方面較出名的有：大坊橋、磚仔橋、鯽魚潭橋、駝龜橋、鳳山東福橋皆是在清初所建。不論官建或民捐的，其形式有竹橋、木橋、石橋及磚橋等。