從現今保存少數的明代民居來看，可以知道明清建築無論在形式格局或建材用料，都沒有什麼差別。其次明鄭時期對日本、暹羅、安南及呂宋皆有貿易往來，閩南地區亦早有南洋方面的接觸，因此，臺灣的閩南式建築受外來影響，尤其是南洋應自鄭氏時期始。
明鄭時期主要的建樹出自鄭成功之子 ─ 鄭經與參軍陳永華。明鄭入臺後，為安頓軍隊實施屯田制度，估計超過四十多個屯墾區，今天仍有地名曾為營盤田，例如：新營、柳營等。鄭經獎勵人民燒磚，並派兵入山伐木建造房屋。
明鄭時期的臺南城為承天府，城市規制仿唐代的里坊制度。承天府劃分為東安坊、西定坊、寧南坊與鎮北坊（古臺南地圖）。
臺南臺灣城隍廟
臺南開基天后宮
臺南孔廟
臺南祀典武廟
臺南北極殿
臺南大天后宮
承天府（今赤崁樓）
公共建築方面，陳永華倡建孔廟與武廟，鄭經也興建所謂七寺八廟；至於像臺灣城隍廟、開基天后宮及大觀音亭都經大肆興建。明代原物恐怕已經不存在，不過，其選址及範圍一直延續下來，它奠定一些重要古建築的基礎。例如臺南城市的規劃，後代還是遵循四坊的範圍，孔廟、祀典武廟、北極殿、大天后宮及府城隍廟皆仍在明鄭時期之原址上。
明鄭時期的官署建築有的沿用荷人留下之建築，像是承天府，也就是我們現今的赤崁樓；天興州署以及萬年州署，原為縣署，後來經由鄭經改為州。天興州署。在清代改為臺灣府署，在今衛民街；萬年州署則改為臺灣縣署，在今忠義國小校內。
明鄭時期之住宅建築若以人口數量推斷，應該為數不少。一般平民的住宅可能仍以竹木構造為多，隨之而來的皇族重臣及文官武將都有正式宅邸，有的還有附庭園。
在住宅方面，澎湖張百萬大宅即為明鄭時期，傳有八座之多。當時一漁民叫張隱，常到金嶼釣魚，無意間撿到海盜留下的金磚而致富；以此資本經商，在滬尾、半線、大甲等地購置田產，這幢建築物在澎湖白沙尚存，但是否全都為明代建築則尚待研究。
廟宇和建築原來甚多，但都已遭改建；孔廟創建在永曆二十年，是臺灣第一座孔廟建築。今天臺南孔廟是康熙五十一年，由陳璸修建之後的格局；武廟則原建於永曆二十三年。